Blatter, sem er 79 ára, fékk 133 atkvæði í fyrri umferð kjörsins á móti 73 atkvæðum Prins Ali. Blatter þurfti aðeins sjö atkvæði til viðbótar til að vinna kosninguna í fyrstu umferð.
Áður en seinni umferð atkvæðagreiðslunnar fór fram tilkynnti Prins Ali svo að hann hefði dregið framboð sitt til baka.
Blatter hefur setið á forsetastóli FIFA frá 1998 en ferill hans hjá sambandinu telur alls fjóra áratugi.
Öll spjót hafa staðið á Blatter undanfarna daga eftir að nokkrir háttsettir stjórnarmenn innan FIFA voru handteknir aðfaranótt miðvikudags, grunaðir um víðtæka spillingu.
Í gær lýsti Michel Platini, forseti UEFA, því yfir að Evrópuþjóðirnar ætluðu að fylkja sér á bak við Prins Ali. Platini talaði um 45-46 Evrópuþjóðir af 53 ætluðu að kjósa Prins Ali sem taldi sig einnig hafa 60 atkvæði utan Evrópu. Svo reyndist ekki vera.
Prins Ali var einnig kosinn úr framkvæmdanefnd FIFA og hann er því ekki lengur einn af átta varaforsetum sambandsins.
Fylgjast má með forsetakjörinu á YouTube-rás FIFA.
The FIFA voting pic.twitter.com/BWgv1BvJz0
— Rob Harris (@RobHarris) May 29, 2015