Upphæðirnar nema rúmlega fimmtíu milljónum króna þar sem hann á að hafa millifært fjármuni á eigin reikninga og vandamanna, svo sem son sinn, og veitt innistæðulaus lán til einstaklinga. Málið gegn honum verður tekið fyrir næstkomandi þriðjudag í héraðsdómi norðurlands eystra.
Málið vakti gríðarlega athygli á sínum tíma þar sem fjöldi manna frá sérstökum saksóknara kom til Siglufjarðar og hóf húsleitir í bænum við rannsókn málsins.
Málið komst upp fyrir slysni því eftir fyrirspurn frá sérstökum saksóknara í alls óskyldu máli kom upp rökstuddur grunur um fjárdrátt skrifstofustjórans.
Í ákæru á hendur Magnúsi og fyrirtækinu Bási er varpað ljósi á hvernig hann vann að fjárdrættinum sem hófst árið 2010. Ákæran er yfirgripsmikil í tíu liðum.
Fyrstu sjö kaflar ákærunnar fara ítarlega yfir meint brot Magnúsar í starfi þar sem hann er ákærður fyrir fjárdrátt og/eða umboðssvik.

Í þriðja tölulið er Magnús ákærður fyrir fjárdrátt með því að hafa dregið sér og öðrum velunnurum samtals tæpar fjórar milljónir króna með ólöglegum hætti.
Til að mynda á Magnús að hafa stolið söluandvirði tveggja lyftara og fiskvinnsluvéla og búnaðar sem seld voru í gegnum sama einkahlutafélagið. Setti hann féð bæði inn á eigin reikninga sem og reikning sonar síns. Einnig millifærði hann gjöf til hestamannafélagsins á Siglufirði.
Í fjórða til og með sjöunda kafla ákærunnar er Magnús svo ákærður fyrir að hafa stolið fé af öðrum fyrirtækjum og millifært fjármagn frá þeim yfir á reikninga í eigin eigu.
Einnig á Magnús að hafa framið umboðssvik með því að hafa misnotað aðstöðu sína og stefnt fjármunum sjóðsins í hættu. Á hann að hafa farið út fyrir heimildir sínar til lánveitinga. Hækkaði hann yfirdrátt fjögurra einstaklinga um 20 milljónir króna samanlagt og millifærði þá fjárhæð jafnharðan inn á reikning einkahlutafélags í bænum. Lánveitingin var afgreidd af Magnúsi án samþykkis lánanefndar sjóðsins.
Lánveitingin hefur ekki fengist nema að hluta til endurgreidd. Þá hefur skiptum á þrotabúi einkahlutafélagsins verið lokið án þess að nokkuð hafi komið upp í lýstar kröfur í búið.
Að endingu er svo Magnús ákærður fyrir peningaþvætti með því að hafa tekið við reiðufé og breytt í bankainnistæðu á eigin reikningum. Samtals eru það rúmar 10 milljónir króna.